一作论坛

当前位置 : 首页 > 活动 > 一作论坛

学术紫金 纸短情长---5月余杭塘畔第一作者论坛顺利结束

编辑: 朱薇 作者:田梦雅 时间:2018年05月18日 访问次数:1902

步入五月,杭州已然开启了高温蒸煮模式,但闷热的空气丝毫没有影响大家参与此次一作论坛的热情,5月17日下午两点,综合楼811会议室里座无虚席。
此次一作论坛邀请到了以第一作者在国际顶级期刊CELL上发表论文的汪仁英同学。汪仁英同学毕业于吉林大学,现为浙江大学基础医学院研究生,师从郭国骥教授。其论文“THE MOUSE CELL ATLAS BY MCROWELL-SEQ”,利用了实验室自主开发的 Microwell-seq高通量单细胞测序平台,对小鼠近50种器官和组织的40余万个细胞进行了系统性的单细胞转录组分析,并构建了首个哺乳动物细胞图谱。
   
首先,汪仁英同学图文并茂地介绍了他们构建的单细胞测序平台,如磁珠结构、琼脂糖微孔板、细胞捕获方法等,使大家对Microwell-seq技术有了初步了解。随后,她向大家展示了40余万个小鼠细胞聚类分析(t-SNE)的实验结果,八十几个不同细胞类群形象地对应到不同的器官,初步绘制出了小鼠的细胞图谱。接着,她介绍了实验室搭建的在线平台,并欢迎大家用自己的数据与他们的数据进行比对。
   
  
现场有同学提问:该技术怎么抓取单细胞?汪仁英解释到:将组织消化后,利用重力作用使细胞沉到微孔板底部,多次冲洗掉表面杂质后混入磁珠、裂解细胞,然后收集磁珠进行后续测序分析,与现有的单细胞技术相比,Microwell-seq不仅干扰较小,而且大大降低了单细胞测序文库的构建成本。还有同学问到了单细胞数据分析的问题:分类的marker如何确定?仁英回答:一点点搜集文献得到相关基因的功能,并且将这些基因加入到数据分析中。大家从实验技术、评审要求,一直交流到实验室的工作日常,在轻松的氛围中,本次一作论坛圆满结束。
   
 
图文:田梦雅